Struktur organisasi mengacu pada Jurusan Teknik Lingkungan UPN "Veteran" Yogyakarta

Jurusan menurut Permenristekdikti Nomor 39 Tahun 2015 pasal 56 merupakan himpunan sumber daya pendukung program studi dalam 1 (satu) atau beberapa disiplin ilmu pengetahuan dan teknologi, yang dipimpin oleh seorang Ketua Jurusan yang bertanggungjawab kepada Dekan, dalam pelaksanaan tugasnya dibantu seorang Sekretaris Jurusan. Jurusan/Bagian mempunyai tugas menyelenggarakan dan mengelola pendidikan akademik, vokasi dan atau profesi dalam 1 (satu) atau beberapa cabang ilmu pengetahuan dan teknologi, yang terdiri atas (Permenristekdikti Nomor 39 Tahun 2015 pasal 58):

1. Ketua Jurusan/Bagian;
2. Sekretaris Jurusan/Bagian;
3. Program studi; dan
4. Kelompok Jabatan Fungsional Dosen

Jurusan merupakan penyelenggara dan pengelola pendidikan akademik dalam 1 (satu) atau beberapa cabang ilmu pengetahuan dan teknologi. Fungsi Jurusan adalah:

1. Merencanakan dan mengawasi pelaksanaan pendidikan dan penajaran, penelitian serta pengabdian masyarakat.
2. Mengembangkan kurikulum pendidikan sesuai dengan bidang ilmu.
3. Mengkoordinasikan dan membina kelompok dosen berdasarkan rumpun ilmu atau bidang minat studi dalam rangka mengembangkan pemutakhiran silabus matakuliah, penyempurnaan silabus matakuliah dan penyusunan modul matakuliah.
4. Merancang pembebanan tugas mengajar dosen.
5. Merancang pembentukan kelas baru.
6. Mengkoordinasikan dan melaksanakan peraturan akademik.
7. Menjalin jaringan kerjasama dengan stakeholer dalam rangka mengembangkan Program Studi (pengembangan kompetensi lulusan, kurikulum, dan jaringan kerja).
8. Mengawasi pelaksanaan kegiatan pelayanan akademik.
9. Mengkordinasikan pelaksanaan penjaminan mutu akademik tingkat Program Studi.